Para poder saber si hay una infección urinaria es necesario realizar un análisis de orina. La forma en que se debe recoger orina para su análisis depende de la edad del niño. Si es un lactante o aún no controla la micción, se utiliza una pequeña bolsa plástica que se coloca en la zona genital del niño que se adhiere a la piel por un adhesivo que viene incorporado a la bolsa. Si el niño es mayor se le hace orinar dentro de un pequeño recipiente en general de plástico o vidrio. Es necesario que la muestra de orina se obtenga correctamente para evitar que bacterias provenientes de la piel o zona perianal puedan dar resultados equivocados.

También la orina puede obtenerse directamente desde la vejiga utilizando un pequeño tubo denominado catéter o sonda vesical. Otras veces la mejor forma de obtener la orina es mediante una punción directa vesical con una pequeña aguja, a nivel del abdomen inferior(suprapúbica) par estar seguro que la orina recogida es pura. Una vez obtenida la orina debe ser examinada al microscopio para ver si hay o no-infección. Se pueden ver bacterias y a veces también puede haber algo de pus. Si en un primer momento no se puede identificar, se coloca una muestra de orina en un pequeño plato de vidrio que contiene una substancia que favorece el crecimiento bacteriano. . Esto permite identificar la o las bacterias causantes de proceso y además permite valorar cual es la medicación más efectiva para ese germen. Este procedimiento se denomina cultivo y puede tardar 24-48 HS, o más.