Independientemente de la edad, la cistitis (infección de la vejiga) no suele cursar con fiebre ni producir lesión a largo plazo en la vejiga o en los riñones. La pielonefritis (infección renal) en cambio, puede producir lesiones o cicatrices permanentes en los riñones incluso después de un único episodio de infección. Esto es especialmente cierto en los niños muy pequeños. Por otro lado, en algunos niños una IU puede ser un signo de que existe una anormalidad del tracto urinario que puede predisponer a más problemas.

Por todo ello cuando el cultivo de orina confirma que existe una IU suele recomendarse la realización de más pruebas. Algunos niños, sin embargo, presentan infecciones urinarias simplemente porque están predispuestos a ellas (del mismo modo que otros lo están a resfriarse o a tener otitis). Cuando la infección se ha tratado y curado, pueden recomendarse otras pruebas para evaluar anormalidades del tracto urinario. Estas pruebas dependerán de la edad del niño y del tipo y características de la IU. Estas pruebas aportan información diferente y a veces es necesario realizar más de una.